H Ιωάννα Κωστάκη είναι πτυχιούχος του Τμήματος Πολιτικής Επιστήμης και Δημόσιας Διοίκησης του Εθνικού Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Είναι κάτοχος του μεταπτυχιακού τίτλου «Διεθνείς και Ευρωπαϊκές Σπουδές» του Πανεπιστημίου Πειραιώς καθώς και του μεταπτυχιακού τίτλου «Εθνική και Ενωσιακή Διοίκηση» του Παντείου Πανεπιστημίου. Έχει υπάρξει εξωτερικός συνεργάτης του Εθνικού Κέντρου Κοινωνικών Ερευνών. Το 2016 εισήχθη κστόπιν διαγωνισμού στην Εθνική Σχολή Δημόσιας Διοίκησης και Αυτοδιοίκησης. Από το 2018 είναι στέλεχος της Διεύθυνσης Συλλογικών Ρυθμίσεων του Υπουργείου Εργασίας και Κοινωνικών Υποθέσεων.